用于过滤除菌的过滤器可大致分为积层式（深层过滤器）和筛分式（筛滤器、膜滤器）两种，按过滤推动力，又可将过滤除菌设备分为常压过滤机、加压过滤机和三类。常压过滤效率低，仅适用于易分离的物料；加压和自动压滤机是以外部加压式或真空产生的压差为动力，使待过滤的物体从过滤器内通过，截留住悬浮于流体中的粒子，过滤效率较高，应用较广泛。
这类过滤器是利用硅藻土（灰白色、为粗二氧化硅水合物，由硅藻遗骸堆集海底而成）、玻璃纤维等材料分别与白陶土或单独煅烧而成，形状呈圆柱体，因形状细长似棒，故又称滤棒，也有呈盘状体的。根据滤材的不同，可分为硅藻土滤器、素瓷滤器、石棉滤器和容玻璃滤器等。
自动压滤机的除菌原理主要是随流阻挡作用。由于通道或毛细管的孔径比所滞留的粒子大，因而除菌主要靠积层效应（积层越厚、粒子越易被毛细管截留）和吸附效应起作用。
自动压滤机有多种过滤介质，虽然各种过滤介质特性不同，但这种类型的过滤器均有共同特点：自动过滤容量比筛分式的大；小径粒子从滤层结构中通过时也能被截留；介质层结构对除去粒子没有选择性；具有吸附作用；流量大时，有时截留不彻底；介质有脱落现象，因而介质有时也会进入滤液；大径粒子有时也会因过滤压力的变化而从介质结构中漏掉；液耗量比筛分式的大。